1985年的寻根小说热衷所出现的第二个主题，是通过文化追寻进而发出对民族生存问题的思索和追问。这其中又分为两个层面，一是较浅层次的，对自然文化遗产和自然生存状态的眷怀与歌赞。这有些近似于浪漫主义文学主题。如李杭育的“葛川江系列”小说，这些作品的核心主题，是讲述现代文明状态下人的生存异化。比如《最后一个渔佬儿》所表现的就是工业文明对自然和人的生存境遇的威胁。福奎，一个在葛川江上生活了五十多年的老渔民，靠打渔为生，还有一位“相好的”寡妇阿七，生活得“江里有鱼，壶里有酒，船里的板铺上还有个大奶子大屁股的小媳妇，连她大声骂娘他都觉得甜溜溜的，那才叫过日子呢！”但时光流逝，因为污染，江里的鱼虾渐渐绝迹。渔佬儿的日子一天不如一天。终于，阿七准备嫁人了。感念往日旧情，帮他在镇上的味精厂找了个闲杂差工，只是让他再去求他的外甥大贵一下就行了，但福奎终究不愿求人去过那种不自在的生活，最终索性仍旧回到了空空荡荡的江上去打渔，将这样度过他的余生。这类作品表现了处在自然文化状态下的人类生存的自足特性，以及他们在现代文明冲击下的惨痛悲剧。生存与进步，文明与失落构成了一双不可调和的矛盾。

扎西达娃发表于1985年的小说《西藏，系在皮绳扣上的魂》、《西藏，隐秘岁月》所揭示的也是类似的主题，处在神秘的原始自然的宗教文化中的人们，他们的生存虽然极其贫穷愚昧，但却是充满信仰和献身力量的，他们不可能同开化的现代文明生活发生对话，这种对接一旦发生——就像前者中男主人公塔贝遇上了令他好奇的拖拉机，很想学着摆弄一下，结果被伤致死——只会导致悲剧。扎西达娃的小说不但有对于古老文化与现代文明之冲突的相对深入的理解，而且也倚仗藏传佛教与藏族文化的神秘性，将其小说写得扑朔迷离，使叙事充满了魔幻色彩。特别是，他还首次使用了“暴露虚构”或“元小说”（metafaction）的手法，将寻根与新潮小说写作的技法提升到十分复杂的地步。在《西藏，系在皮绳扣上的魂》中，他所讲述的牧民塔贝和婛的故事，就使用了一个至为神秘的“复式的讲述策略”，在扎妥寺活佛桑杰即将圆寂之时，他以预言的口吻向“我”讲述了这个故事，而听故事的人“我”却发现，他所讲述的竟然同“我”在一年前虚构的一个短篇小说完全一样。“我”写罢这个小说就将其放到了箱子里，从未示人，现在却被大师讲了出来。而且随后，“我”还在大师的指点下，翻越喀隆雪山，沿着“莲花生大师的手掌纹”，去追寻小说中两个人物，且居然在行走中跌落山下，仿佛穿越了“时光隧道”，来到了小说之中。在目睹塔贝被象征现代文明的拖拉机压死之后，“我”还把女主人公婛带回了现实之中，深信自己会将她改造为一个“新人”。很显然，如果说塔贝是代表了藏族文化比较强悍且又脆弱的一面的话，那么婛则象征了其中比较柔软且又坚韧的一面，而这一面恰好是可以进行“现代性转换”的部分，她的重返，表明古老的藏族文明将可以在现代世界中蜕变重生。

另一些较深层次主题的作品，则集中了对文化构成与民族生存关系的广泛思考，包容量很大，但写作手法却相对传统。郑义的《老井》通过太行山巅上一个村落打井求水的悲壮故事，用象征的笔法揭示了一个文化构成与人的生存悖论的怪圈，生存环境的艰难铸就了这里人的坚定执著不屈不挠，同时也铸就了他们的封闭固执和愚昧麻木。前者使他们因为抗争和寻求而不断遭受着失败的悲剧；后者则使他们因为心灵的贫瘠而陷入无望的堕落，生存中缺少了水和文化中缺少了向上的活力，它们是互为因果、相辅相成的。

其实，前文中所述的大部分作品同时也都包含了对文化与生存关系的思考。“湘西系列”小说中所展示的文化风貌的确是绚烂多彩的，但这种充满原始神秘之美的文化，仅仅是带给了湘西人以生存的力量、安慰和诗意吗？显然不是，文化的自然状态同时也导致了他们的愚昧退化和自相残杀，“鸡头寨”人所憎恨和虐待的丙崽那样的早衰症或退化儿，正是他们文化自身繁育和衍化的结果。冯骥才的《神鞭》、《三寸金莲》等风俗文化小说，在一方面展示了传统文化中所产生的一系列奇异现象与后果的同时，也引发人们思考，一种文化在结出它自己特殊的果实的同时，也就是给它自己的今天和未来播下了失败与悲剧的种子。阿城的《棋王》是通过今天的人格特征揭示中国传统文化的一种典型遗传，王一生的境界固然博大，可与宇宙混沌相一体，但这种境界也正是在物质与精神极端贫困条件下的“前科学时代”的产物。他的精神状态使我们一只眼看见中国文化特有的“天人合一”的神妙光彩，另一只眼又看见了它固有的贫瘠、软弱、愚昧与苍白。

1986年，寻根小说思潮进了第三个阶段，即沉积与转型时期，作品数量开始骤然减少，风格特征也发生了较大的转变，人们对小说界的热情关注开始移向方兴未艾的新潮小说领地。这是因为许多作家已经清醒地认识到了在寻根思潮的观念与文本、目的与对象之间所存在的根本悖论，简言之，他们所竭力表现和张扬的那些传统文化内容同他们所承诺的“重铸”民族文化与精神的启蒙主义功利目的之间，是不可能统一的。这一点，我们在后面一节中还将展开讨论。

基于上述原因，寻根小说的创作开始出现了沉积与分流转型的局面，一部分汇入了兴起于同期兴起的“新潮小说”，文化主题色彩渐趋淡化，故事性、技术性等文本特征愈渐突出，如扎西达娃、马原等人的小说；一部分则较多地放弃历史文化主题中的启蒙观念，而增强了审美和历史的个人体验等因素，“家族历史小说”和具有某些“新历史主义”色彩的小说因此应运而生，如莫言的《红高粱家族》（既是长篇，又是系列中篇）；还有一些则既结合了传统的现实主义，又融合了魔幻现实主义的某些因素，并更加切近当代历史的小说作品，如张炜的长篇《古船》等。上述作品共同构成了寻根小说向“新潮小说”和“新历史小说”的过渡。

莫言陆续发表于1986年的“红高粱系列”小说，可谓最明显地体现了这种过渡特征。一方面，他仍怀抱着文化启蒙的热忱与责任感，另一方面，他又致力于用尼采式的“酒神精神”对民族传统进行重新发现和文化重构，扬弃和戏谑了传统中那些“日神”意味的道德理性因素，而对那些具有感性和非理性色彩的因素加以放大。他发现，民族文化中丑恶的东西和美善的东西从来就是结构性地生长在一起的，是一个模式的两个面，“我爷爷”既是“土匪”，又是“英雄好汉”，他“既杀人越货，又精忠报国”，他的人生和所作所为，是无法用一种单向的价值尺度来衡量的，也不能靠我们的理性分析去作判断，而只能以生命哲学和反伦理学的人类学视域去理解，以纯粹审美的态度去观察。这就取消了以往现实主义文学中那种惯用的“真善美”与“假恶丑”的道德对立，把他们打乱，并颠倒过来。“高密东北乡的红高粱怎样变成了香气馥郁，饭后有蜂蜜一样甘饴回味，醉后不损伤大脑细胞的高粱酒？……正像许多重大发现是因了偶然性，是因了恶作剧一样，我家的高粱酒之所以独具特色，是因为我爷爷往酒篓里撒了一泡尿。为什么一泡尿竟能使一篓普通的高粱酒变成了一篓风格鲜明的高级高粱酒？这是科学，我不敢胡说。”这是一段富有象征意味的叙述，“高粱酒”的特色如同文化的构成一样，往往是善恶相生的，缺少一点“恶”的因素的文化，往往同时也缺少了生命力。这里我们不难看出，莫言笔下的历史已很难再从社会学的意义角度作出判断，而更多地变成了个人的感性体验与审美把握，这也正是寻根小说内部一个最深刻的变化。作家已明确意识到，小说中的“文化寻根”从根本上说只是一种审美活动，而不可能完成一个重构民族文化的功利性目标。所以，尽管仍表现了很高的文化热忱，但在作品中却进一步选择了审美的视角和文化的多元认知，而不是简单的价值判断。

莫言小说中的思想意蕴是极为丰富的，在“红高粱系列”中，他传达了对于红色历史的某些颠覆性看法，突出了民间社会的道德力量，比如在抗战问题上，正是一支类似“土匪”的民间武装扮演了抵抗侵略者的主导力量；其次，他在小说中还夹杂了大量民间生活的描写，其中爷爷奶奶惊天动地自由不羁的爱情故事，他们经营酿酒作坊和领导“铁板会”的种种民俗生活场景的描写，有关二奶奶的“诈尸”的故事，还有大量对于具有灵异色彩的动物的描写，都大大扩展了小说的审美空间；另外，他还以戏谑和拟人的手法展开了关于“文明异化”的主题的描写，在《狗道》一篇中，因为战争和瘟疫，村庄里的人大量死亡，而原来的家狗在吃了死人的腐肉之后便恢复了野性，开始“有组织地”来袭击人类，其中“我”家的那条大红狗甚至还蹿上来咬掉了“我父亲”的一颗卵子，差一点让他丧失了传宗接代的能力。这些描写都在令人忍俊不禁的同时，传达了作家对于文化变异、文明异化的思考，生发出多向的历史与文化影射力。

以人类学的眼光、生命哲学的视角切入历史，是莫言最大的贡献，他的书写在瞬间超越了社会学和伦理学范畴的历史视野，使一切人物与生命焕发出了蓬勃力量与熠熠光彩，也使现代主义的技法获得了真正相匹配的思想根基。

另一个代表是张炜发表于1986年的《古船》。这部作品一般不被人们视为典范的寻根小说，但我却倾向于把它看作是寻根运动的沉积的产物，一个总结性的成果。首先它的文化启蒙与社会批判的主题色调是极为强烈的，同时它也以富有象征内涵的隐喻性描写，揭示了传统文化的内在结构，对传统农民文化中的仁爱与暴力、人道与专制、善良与罪恶的复杂纠结与矛盾，进行了细致而生动的发掘与描写，特别富有历史的深度和正义的审判力量。在这一点上，它可以构成对鲁迅等上代作家文化批判主题的一个当代回应。这种特殊意义是不应被忽视的。