接下来就是五行的产生。“阳动阴静而生水、火”，水和火生出来了。从图上看，由阳动而生水，由阴静而生火，亦即《通书》所谓“水阴根阳，火阳根阴”。水、火之后又生木、金。五行生的次序是先生水火，水火是万物根本，基本上那个时代所有的学者都这么讲。水、火是万物根本，接着生木、金，然后土在中央，这是生的顺序。但是在运行的顺序上，五行的运行顺序不是这样的。因为《太极图说》后面有一句话，“五气顺布，四时行焉”，水、火、木、金、土这样的顺序不能对应春、夏、秋、冬。水对应的是冬天，火对应的是夏天，四季的顺序不可能是冬、夏、春、秋，所以五行的生成之序与运行之序是不同的，运行的顺序一定是木、火、金、水，土贯穿在中间，所谓土旺四季。仁、礼、义、智也依这样的顺序展开。跟五行中的土一样，信也贯穿在仁、礼、义、智当中。在《太极图》中，五行这一层最下面还有一小圈，这小圈代表的还是太极。这也就是说二气凝聚为五行以后，太极仍在五行之中。

通过这样一个模式我们可以看到，太极绝不可能是未分化的元气，因为未分化的元气一旦分化为二气五行以后，就不再能贯穿和体现在二气五行当中了。元气和二气五行是不同的形态，分属不同的阶段，两者不能相互涵摄。因此在这个图式里，太极不是元气，不能从质料的角度来理解周敦颐的太极。

至此，整个图式的第一部分已经清楚了，从无形的至真存在，到这一至真存在体现为动静的综合体。在这个动静的综合体中动静是互为条件的，有了动静就有了阴阳，有了阴阳就有了刚柔，动静、阴阳、刚柔的复杂变化就形成了一些最基本的质料，五行就出来了。五行从义理上讲对应仁、义、礼、智、信五常，从时间的角度上讲，“五气顺布，四时行焉”，时间的观念才真正展开，时间是以此为根本的，四时是以此为根本的，是以五行的循环运转作为基础的。这个过程在《通书》里面又以“诚”这个概念来加以阐发。周敦颐把整个世界的变化分成了两个部分，又把“诚”跟“元亨利贞”四德连在一块，他说：“元亨，诚之通也”，“利贞，诚之复也”。[14]诚之通与诚之复，这就构成了宇宙运化的两个阶段。“元亨，诚之通”，诚之通是创生的过程；“利贞，诚之复”，诚之复是完成的过程，生和成被明确地划分为两个阶段。

讲到这个地方，周敦颐的宇宙论图式就非常清楚了：首先是一个至真的、生生不已的存在，至真的无形的存在。这种至真的无形存在又必然体现为阴阳的综合体，动静的综合体。阴阳动静的综合体最终经过复杂的凝合变化就展现出了五行，而在阴阳对立的综合体当中是有太极的，在五行当中又各具太极，并不是说太极变为阴阳之后太极就消失了，阴阳变成了五行之后阴阳就消失了。周敦颐在《太极图说》中讲，“五行一阴阳也，阴阳一太极也，太极本无极也”。[15]五行说穿了不过就是阴阳的某种表现，阴阳说穿了不过就是太极的某种表现而已，太极根本上讲是无极的，也就是无形的。