三国两晋南北朝时期，由于战乱，工商业严重衰落。但为了供给军费和统治阶级的奢侈需要，工商税却名目繁多，极为沉重。产生了许多搜刮工商业的新税种。例如，三国曹魏与孙吴征过牛肉税，西晋时征过[木离隹]〔li离〕税。[木离隹]是客栈，国家于重要道路上每10里办一客栈，令老小贫困户开办，由官吏主管，依客舍征钱。东晋时期开征课于交易行为的估税。估税分两种，对数额较大、并立有文据的买卖，如奴婢、牛马、田宅等大宗交易，所征估税叫输估，每一万钱，征收400钱，卖方交300，买方交100。对不立文据的小额交易所征的税叫散估，税率也是4%，全由卖方负担。估税是后世契税的起源。东晋之后，南朝的宋齐梁陈都征收估税。东晋成帝咸康中(公元335—342年)还征收过桁〔heng衡〕税，“桁”通“航”，指浮桥。南京秦淮河上架有24座浮桥，其中丹阳、竹格、朱雀、骠骑四座浮桥对来往行人征收通过税，这就是桁税，一直征到宁康元年(公元373年)才废止。南朝的宋、齐、梁、陈都曾征过桁税。东晋、南朝时期还征过牛埭〔dai代〕税。埭指水坝，航船过坝，须用牛牵引，过往船只须缴纳一定的费用，本属使用费性质，但后来过坝船只不论是否用牛牵引，均须付费，变成一种苛征，因此称为牛埭税。

此外，还有各种单项货物税，如东晋、南梁时的鱼税，南宋时的梓材、皮毛税(实物税)等等，不一而足。

传统的关市之征，也十分苛重。后秦姚兴就曾“以国用不足，增关津之税，盐、竹、山、木皆有赋焉”(《晋书·姚兴载记》)。北魏孝明帝时，开征入市税：“又税市，入者人一钱，其店舍又为五等，收税有差。”(《魏书·食货志》)北齐后主高纬时也“以军国资用不足，税关市、舟车、山泽、盐铁、店肆，轻重各有差”(《北史·齐本纪下》)，以供其奢侈浪费。东晋南朝征商情形更苛重。例如，东晋时，“都(指建康)西有石头津，东有方山津，各置津主一人，贼曹一人，直水五人，以检察禁物及亡叛者，其荻炭鱼薪之类，过津者并十分税一以入官……淮水北有大市百余，小市十余所。大市备置官司，税敛既重，时甚苦之。”(《隋书·食货志》)南朝的齐、梁还实行对市税和通行税的包征制，由官府核定某地应征税额，招人承包收缴。包税者为完成承包的税收总额并获取盈余，极力加重对商贾的征敛，商人为了转嫁税负，只得提高物价，物价上涨，必然影响商品的销量，从而影响税收数量，使包税者无法完成包税任务，不少包税者因此被抄没家资。陈朝关市税也极为繁重：“旗亭关市，税敛繁多。”而且官吏贪污中饱：“逼遏商贾，营谋私蓄。”(《陈书·宣帝纪》)到陈后主陈叔宝时，为满足其奢侈需求，更是恣意掠夺商贾：“税江税市，征取百端。”(《南史·陈本纪》)

隋与唐初工商税很少，盐酒、矿冶、关市均不征税。安史之乱时，由于国库空虚，中央和地方都采取税商的办法以充军用。安史之乱后，各种工商杂税开始增多。唐肃宗时期(公元756—761年)还曾对富商豪贾强行举债，征课江淮、蜀汉一带大商人资产的2/10，称率贷。随后诸道大都采用这种“率贷”方式，以充军费杂用，名目日多。率贷逐渐由临时财产税，转化为营业税与通过税了。唐德宗李适〔kuo阔〕建中元年(公元780年)，唐实行两税法，其中规定商人向所在郡县纳税，税率为三十税一，和农民的税负要大体一致。但这只是一纸空文。两税法颁布以后，国家仍对商人千方百计进行掠夺。建中二年即“以军兴，增商税为什一”(《资治通鉴》卷二二六)。建中四年(公元783年)，即在两税法颁行不久，就开始税间架，即征收市民房屋税。每屋两架为间，上屋税2000钱，中屋税1000钱，下屋税500钱。同时征收除陌钱，凡交易所得及公私支付钱物，每贯(千钱)税50钱。税间架与除陌钱，遭到市民的强烈反对；兴元元年(公元784年)，泾原(今甘肃泾川)兵至长安发动兵变，即以不纳间架、除陌二税号召群众，唐朝廷不得不将二税废除。两税法实行当年，唐德宗即采纳户部侍郎赵赞建议，开征内地关市税，于诸道津要都会之处，设关立卡，查征往来商人财货，每千钱税20文，竹、木、茶、漆一律什而税一。唐中后期，各地擅自于交通要路及市井津渡滥设关卡，税敛杂物及牛马猪羊之事件，不可胜纪，从而导致物价上涨，商旅日益减少。德宗建中初，还以“借商”的名义，强征富商钱财，答应兵罢后用公款偿还，实际上是借而不还。借钱令一下，官吏像强盗一样，强取民财，激起民愤，长安市民罢市，百姓相率挡遮宰相马前诉苦。原来预期可借得500万贯，由于遭到商民的激烈反对，实际才得88万贯。唐代国际贸易发达，国家在广州等主要通商口岸，设市舶使，检查出入船舶，征收“舶脚”(或称“下碇税”)即关税。五代十国时期，工商杂税名目更为繁多。后梁太祖曾征收油税、牛税，蔬菜瓜果也列入征课范围。

宋朝开国之初，即定商税则例，商税分过税和住税两种，过税税率为商人贩运货物货价的2%，住税税率为商人在住地出售货物货价的3%，商税较轻，因而促进了国内商业和国际贸易的发展。但后期工商杂税也日益繁重。不仅继承了五代十国的各种苛征杂敛，而且出现了许多新的名目。宋太祖开宝二年(公元969年)开征印契税，规定凡百姓典、买田宅应在两月内向官府输钱，请求验印，名印契钱。买卖牲畜也要缴契税。税率时有变化，仁宗时每贯税40文，徽宗时规定浙江及福建等七路每贯收60文。北宋宣和四年(公元1122年)，因方腊起义，军费告急，创征经制钱，在酒、糟、商税、牙税、契税、头子钱、楼店钱等七税既定税额的基础上，每贯再征20文以供经制使(官名，掌管东南财赋)费用，称经制钱。靖康元年(公元1126年)又征总制钱，每贯增至100文，供总制使(官名)费用。这种对商人的额外征敛，从北宋一直延续到南宋。并在南宋合并征收，称经总制钱，每贯征56文，到南宋后期，每年税额达1725万缗。宋代对税额在千贯以下的分散的小市场市税的征收，也实行包税制，称为“买扑”；买扑者或以家产作担保，或先按规定税额向官府缴纳一年的税金，然后取得对该地商市的征税权。买扑者为了取得更多的盈余，往往和官吏相勾结，对商民横征暴敛，使商民税负远远超过国家规定的应纳数额。

元代商税税率较低，实行三十而税一，偏僻和边远地区，甚至实行六十而税一。但随着工商业的发展，额外征课的名目却十分繁多。全国性及地方性额外课有32种之多，有历日(即历书)课、河泊课、山场课、蒲苇课、柳课、柴课、乳牛课、磁课、姜课、白药课等等，可谓无奇不有，无物不课。此外还有各种杂敛，如典当税、和买税、田器税等。另外，元朝广泛实行“扑买”(或称“买扑”)即包税制，也使商人的负担大大加重。如太宗窝阔台十一年(公元1239年)，商人奥都剌合蛮扑买天下银课，原课税银额为110万两，他以220万两扑买，使税额增加一倍，而实际征收额，则要高出更多。

明朝各种商税如盐、茶、坑冶、酒、醋等依旧照征外，又增加了一些新的工商税种。例如，洪武、永乐年间，在南京和北京征收塌房税(政府建造的供商人贮藏货物的房屋，称塌房。商人贮货于此，需按规定纳税)。洪熙元年(公元1425年)为了流通钞币(发行纸币)而开征的市肆门摊税，征税对象是以贩卖为主的蔬果园、塌房、库房、店舍、受雇运货的骡马车等。该税遍及全国，税额也不断增加。开征时虽声明是以流通钞币为目的，但钞法通行后，该税并未停止，一直征至明末。还有宣德四年(公元1429年)开征的钞关税，开始从天津至长江的运河沿岸设钞关七所，后来又在长江的重要港口和江南要地设立钞关五所，对受雇载货的过往船只征税。钞关由户部管理，主要征收钞币。还有1471年开征的工关税，是工部派官在芜湖、荆州、杭州置抽分竹木局，对客商贩运的柴草、竹藤、木炭等征税。工关税以缴纳实物为主，后来又允许本色、折色并纳，甚至只征银钞。税率视所载货物不同而不同，不同时期也各有增减，税率高时达1/5。此外还有许多杂税，如武宗正德年间(公元1506—1521年)在京城九门征收的通过税——门税，嘉靖四十五年(公元1566年)创征的对通过淮安坝的米麦杂粮所征的过坝税等等。明神宗时期，矿税、商税征敛极为苛重。从万历二十四年(公元1596年)起，朝廷派许多宦官到各地出任矿监和税监，他们巧立名目，肆意掠夺工商业者。如万历三十年(公元1602年)，临清关(在今山东临清市)原有缎店32家，由于抽税沉重，倒闭21家。布店73家，例闭45家。杂货店倒闭41家。来往伙商原有38人，由于被抽税罚款折本，只剩两人。矿监、税监的横征暴敛，激起了广大工商业者和市民的反抗。万历二十七年(公元1599年)，税监马堂大白天在临清抢劫市民财产，激起临清市民大罢市。愤怒的脚夫、商贩、市民纵火烧毁税监署，击毙其爪牙37人。税监孙隆在苏州遍设税卡，致使外地绸商裹足不前，迫使苏州纺织业不得不缩减生产。孙隆又加征机户的工业税，迫使机户罢织，机工失业，失业工人在葛贤领导下，举行暴动，打死税官黄彦节，孙隆则乘夜逃跑。万历三十一年(公元1603年)，京西煤矿工人也发动反税监斗争，他们群集北京，举行请愿示威，迫使明神宗调走税监王朝。湖北、江西、云南、陕西、福建等地都爆发了大规模的市民反抗税监的斗争。

清朝工商业进一步发展，商税税种比以前历代都多，而且更加苛重。以内地关税为例，清乾隆年间，隶属户部的户关有45处，隶属工部的工关有15处；关税正额之外，还要缴纳关税盈余，盈余有时甚至超过正额。正额、盈余之外，还有各项杂课。关吏还对往来商人及行旅肆意敲诈勒索，中饱私囊。在大中城市市场及各地商品交易中心的居民铺面，则要纳门面税，甚至百姓居屋也要按铺面纳税。此外，还有对各地城镇集市交易物品所征的落地税。落地税范围极广，农民及小贩上市售卖的农具、薪炭、鱼虾、蔬果，无论价值大小，均不能幸免。还有向当铺所征的当税，向牙商(中间商人)和牙行征收的牙税，对买卖房屋、土地等不动产契约所征的契税，另有各种临时加征的车税、花捐、灯捐、妓捐等等，不一而足。

宋元明清对外贸易逐渐发展，但海关关税较轻，封建国家开展对外贸易主要以通好、怀柔远人、互通货贿相标榜，而不重视海关关税收入。清初开放海禁以后，海关税正税不重，但额外加征往往倍于正额，加上各种陋规，海关的敲诈勒索也十分严重。