1192年之后，日本进入幕府时代，天皇大权旁落，幕府将军实行独裁统治。将军、大名、武士组成的等级制的武士地主阶级，控制从中央到地方的各级政权和土地。他们的理论家适应当时的需要，取儒家的忠、勇、信、礼、义、廉、耻等观念和佛家不念生死的思想，加工形成武士道德或武士道精神。由于儒家思想是武士道精神来源之一，所以继续受到社会各界的重视。1603年德川将军削平群雄，建立江户幕府，处理全国政务，管辖全国领地。一个中央集权的实行等级身份制的封建国家正式形成。从这时到明治维新的200多年间，称为江户时期或德川时期。这是日本封建社会高度发展的时期，也是儒学高度发展的时期。这时在日本占统治地位的，不是原始儒学，也不是汉唐经学，而是朱熹的理学。

理学早在十二三世纪便传到日本，德川将军统一全国之后，认为武功已到顶点，但文治还不够，于是锐意崇儒重道。他抛弃佛教，提倡理学，重用藤原惺窝及其弟子林罗山等理学大师，让他们讲学、著书，传播发展朱熹思想。藤原惺窝遵从朱熹的性理说，认为天地万物皆以理为本。他批评佛家思想，使日本儒学最终摆脱禅学影响，他的弟子很多，最著名的是林罗山。林罗山心悦诚服地尊信程朱，既反对佛教，也反对耶稣教，著有《排佛论》和《排耶稣论》，反映了幕府将军对佛的厌弃和对西方势力的疑惧。他还大力论证日本的神道和儒教——理学的一致，使它们更好地结合起来。经过林罗山的努力，朱子学成为德川时代的官学。他本人以大儒身份侍奉过德川家四代将军，成为幕府中重要智囊。

影响日本学术界的除朱子学以外尚有古学派、阳明学派以及水户、折衷、考据等学派，它们都表现了与朱子学不同的思想倾向。如古学派尊信三皇、五帝、周公、孔子，认为唐以后儒学是伪学，代表被闲置的贵族和中小地主阶级，反对正统官学——程朱理学。阳明学派继承王阳明的良知说、明德说，认为整个世界及其秩序，乃至儒家伦理规范都是人心的产物。开始它作为传播儒学的通俗方法而存在，后来形成与朱子学对立的学派。阳明学派的一些重要学者逐渐萌发出代表市民利益的平等思想，重视实践的思想，为明治维新做了思想准备。

1868年德川幕府被推翻，政权重新回到天皇政府。日本实行明治维新，逐渐过渡到资本主义社会。但日本的封建残余势力顽固，因此明治初年被打击的儒学，不久又受到当局的重视。天皇和文部省连连发布文件，要求在中小学中加强道德教育，其主要内容即忠孝仁义。成为日本教育指导原则的明治天皇《教育敕语》，简明扼要地阐述了儒家伦理规范，以为人人遵守，可以“扶翼天壤无穷之皇运”。在明治朝和明治以后，祭孔活动继续进行，并投入大量人力财力开展儒学研究、儒家经典的翻译出版工作。直到第二次世界大战之后，儒学作为意识形态才明显地衰落下去。

纵观东亚三国历史可以看到，以儒学为核心的中国文化给它们带去的是文字、高度发展的农业、手工业技术以及与儒学有直接关系的先进的哲学、伦理、政治思想和统治经验，这一切对于这三个国家从野蛮到文明，从奴隶制向封建制的过渡，起了极大的推动作用，帮助它们建设起发达的封建社会。但是自从资本主义经济关系产生之后，儒学的作用从根本上发生了转变，它所维护的封建关系已经过时，它本身也就变得保守。日本在明治维新之后提倡儒家伦理，灭亡朝鲜之后在朝鲜提倡尊孔重道，以及越南吴庭艳政权的鼓吹儒教，都是在利用儒学的保守面，对抗、扼制民主、平等的新潮流。