明代内地清真寺的修建也较元代为普遍。相传为唐建的西安大学习巷清真寺(一说化觉寺)，经研究，应为明代建筑。南京净觉寺为洪武年间(公元1368—1398年)敕修。北京花市清真寺建于永乐十三年(公元1415年)，锦什坊普寿寺建于明朝初期，东四清真寺正统十二年(公元1447年)敕修，三里河永寿寺建于万历年间(公元1573—1620年)。北京阜成门外三里河，最迟在景泰七年(公元1456年)已辟有相当大的一处坟场，作为专门埋葬穆斯林的义地。就在这一年，明英宗批准撒马尔罕使臣马黑麻·舍力班的奏请，允许他去阜成门外义地祭祀祖坟。

在明代，各清真寺的教长由官方任命。教长人选要报请礼部审批并注册登记备案，然后发给札子，以为传教凭证，否则是不准主持教务的。北京东四清真寺掌教马氏，明洪武年间(公元1368—1398年)被赐汉姓，弘治年间(公元1488—1505年)给予札子，令其主持该寺。