1905年日俄战争以后，晚清军事改革又有重大的调整，从仿效德国转化为学习日本，开始聘请大批日本教官和顾问，训练清军官兵，其军事著作、兵法操典、军事教科书也随之传入。军事学研究者也就在综合学习欧美和日本军事著作的基础上，编著了一批既具有理论深度，又包含多种学科的新型军事著作。其中北洋将弁学堂(后名陆军速成学堂)总教习贺忠良编写的《战法学教科书》，从总体上探讨了军事学体系内的分类，阐述了战争的定义、原则和宗旨，初步论述了战争与战斗、战略与战术的关系等内容，成为中国军事学研究者编著的第一部全面介绍资产阶级军事理论的著作。此外，一些军事学堂、军事研究机构、普通高等学堂也编著了一些军事著作。其中有北洋武备研究所编印的《防守学》、《测绘学》、《地舆学》、《炮学》等。这些军事著作和军事教科书的编著和出版，反映了晚清军事学向多学科、多层次发展的状况和趋势。

如果从西学中用的角度来衡量，那么军事技术家徐建寅于光绪二十四年(公元1898年)成书并刊印的《兵学新书》，堪称上乘之作。该书集当时“兵学之大成”；“上自募选训练以及布阵运用，下至军士起居、饮食之微，凡军所需与一切有关军事者，无不绘图系说”(《兵学新书·凡例》)。它是包括当时兵学的精义、军制、营规、操法、战法运用、军事技术、军事工程、军事交通在内的综合性军事著作，对促进晚清军事学的研究具有重要的作用。

除了上述翻译和编著的军事著作外，晚清还出版了一些采用新法注疏古代经典兵书的军事著作，诸如黄石如的注《阴符经》、朱墉〔yong雍〕的《五经七书汇解》、张权时的《武闱三子全书析疑大全》、侯崇的《兵法百言释义》等。当时尤以蒋方震的《孙子新释》最具新意，他在评述《孙子兵法》名言时，既阐述了自己的理解和认识，又征引毛奇、伯卢麦、克劳塞维茨等西方军事家的有关言论作说明。这种注释方法，在中国尚属首创。

为了适应晚清军界学习军事的需要，当时还有一些学者编纂出版了不少汇编和丛书式的军事著作，其中有古代经典兵书的汇集，也有当时比较适用而流传较广的西方军事著作的丛书。诸如胡林翼的《兵法七种》(内收《阴符经注》、《黄石公素书注》、《太公六韬注》、《黄石公三略注》、《武侯火器图说》、《孙子兵法》等，其中《武侯火器图说》系不确之书)，南洋公学的《南洋公学兵书五种》，张之洞的《西洋兵书十种》，沈敦和的《自强军西法类编》，廖寿丰的《武备新书十种》，日新社的《西洋兵书二十二种》，两湖译书堂的《中西武备新书》，以及以44种兵书为主体的《江南制造局译书汇刻》等。这些书良莠不齐，有的是陈说翻版，有的参考价值较大。而《江南制造局译书汇刻》中的44种兵书，在数量和内容上，可堪称当时各兵学丛书之冠。

清代后期出版的兵书，主要有翻译、编著和对古代经典兵书的辑注三大类。其数量之多，内容之广，实为清代以来所罕见。它们的出版和流传，使徘徊于低谷达200年之久的中国兵学，又获得了上升的活力，形成中国兵书发展的第三次高潮，成为传统兵学向近代军事学过渡的重要标志。它们适应了救亡图存的需要，倡导了注重实际、切合时用、尊重科学、探寻规律的研究风尚，对当时进行的反侵略战争和新军事学的创立与发展，产生了积极的影响。但是它们终究没有能脱出维护清王朝封建统治的目的，把外国军事著作中的民主思想拒之门外。在翻译和编著的军事著作中，军事理论与军事技术的比例严重失调，前者过轻而又缺少深层次的作品，后者畸重而又零乱重复。个别书籍仍存在着照搬照套而不敢越洋人著作一步之嫌，致使日本军事教科书中所宣扬的战争能“启人智”、“振国威”，能使“国家致富强”的谬论，也传入中国。这些都是需要我们在重新研读中，加以认真清理和剔除的，如同我们在研读古代兵书时，要认真清理和剔除其中封建性的糟粕一样。