这一时期，基督教的另一派系东正教中的俄罗斯正教，也从我国东北地区逐步侵入内地。1665年，俄国武装人员侵占我国黑龙江左岸的雅克萨地区，俄国基廉斯克修道院长叶尔莫根在该地建基督复活教堂。1671年，他又在该地磨刀石山建仁慈救世主修道院。这是东正教进入中国的开端。1685年，清军收复雅克萨，东正教修士马克西姆·列昂节夫随同部分战俘来到北京，驻在城东北角胡家圈胡同。为照顾战俘的宗教生活，清政府将该胡同内一座关帝庙改建为东正教堂，命名为圣索菲亚教堂，因堂内挂有一幅尼古拉圣像，故又称尼古拉教堂，俗称罗刹庙，也称俄罗斯北馆。1700年，沙皇彼得一世发出派遣俄罗斯正教驻北京传教士手谕。1715年，第一个传教士团随俄国商队进驻罗刹庙，自称北京东正教总会。1727年《中俄恰克图界约》签订后，传教士团变为常设机构，代行官方外交职能，并在北京东交民巷再建奉献节教堂，又称俄罗斯南馆。至1860年，沙俄共向中国派遣13批传教士，共计155人。自1807年起，沙俄外交部向每批传教士团都委派监护官。据1780年俄罗斯正教最高宗教会议的指示和1818年沙俄政府的训令，传教士团的任务主要是办理中俄外交事务和收集情报资料。因此，他们对传教的兴趣不大，至1860年，在中国有记载的东正教教徒人数只有200名左右。但在逼迫清政府签订不平等的《中俄瑷珲条约》和《中俄北京条约》时，他们却为沙俄政府起了重要的参谋作用。1860年以后，驻北京传教士团由过去沙俄政府直接委派，改为俄罗斯正教最高宗教会议派遣，其外交职能转归俄国驻华外交公使。此后，他们才开始利用不平等条约所攫取的权利，大规模向内地传教。

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注释：

①大统历是明代历法名。明洪武十七年(1384)钦天监漏刻博士元统参照元代郭守敬授时历删订而成。作为中国传统历法，清初仍被沿用。

②回回历即伊斯兰教历，又称希吉来历，以希吉来(指穆罕默德于公元622年 由麦加到麦地那的迁徙)为纪元，计年法有太阴年和太阳年两种。前者主要用于宗教活动和历史纪年，后者为农业耕种之用。自元代并设司天监和回回司天监后，明代和清初均在钦天监设回回历科，采用回回历法以补传统历法的不足。

③明末满人布衣魏文魁著《历元》、《历测》二书，并抨击徐光启和传教士根据西洋历法修订历法。崇祯七年(1634)魏文魁人京创设历局，自成一家。为有别于徐光启等人所组建的西局，自称东局。清初仍被留用。

④正朔意为农历的正月初一。又指帝王修订、颁布历法之权。

⑤如德亚国，一译犹地阿，即犹太国。

⑥香山[山奥]，位于广东香山县(今中山县)南端，故名。今称澳门。

⑦监候绞，习称绞监候，指判处绞刑而暂不处决，拘押在监待秋后再度审定。

⑧清代康熙十二年至二十年(1673—1681)由平西王吴三桂(云南)、靖南王耿精忠(福建)、平南王尚之信(广东)为首的反清战争，史称三藩之乱。