甘薯和马铃薯这两种块根作物都原产于美洲。我国原产的块根块茎类粮食作物主要是薯蓣(山药)和芋头，后来都转化为蔬菜了。另一种块根作物也称甘薯或甘藷，属藷蓣科，不晚于汉代已在海南等地栽种，是黎族人民的传统作物。原产美洲的甘薯则属旋花科，又称番薯。明万历年间(16世纪末)传入我国，引进路线一是从吕宋(菲律宾)传入福建，一是从越南传入两广。都是华侨中的有心人冒着风险、冲破当地的封锁把薯种带回国的，其中有不少动人的故事。甘薯传入后，恰遇福建因台风灾害发生饥荒，甘薯被用作救荒作物种植，活人无数，人们对它开始刮目相看。明末徐光启为了解决江南灾荒，多次从福建引种甘薯，研究出甘薯在当地藏种越冬的方法，并总结了甘薯的“十三胜”，包括产量特高，食用方便，繁殖容易，种植简单，耐旱耐瘠，不怕蝗虫等。清中叶以来，随着人口激增和贫苦农民为了寻求新耕地的迁移活动，甘薯加快向北传播，在长江流域、黄河流域等地获得迅速推广。马铃薯又称土豆、洋芋等，传入我国时间大约是明末清初，先在台湾种植，然后进入大陆；也有从俄国引种到我国北方的。马铃薯生长期短，适应性强，即使在气候冷凉地区，在新垦地或瘠薄山地，均可种植，成为苦寒山区人民的重要粮食。

明清时期水稻种植有进一步发展。在北方的13省中，除黑龙江外均有水稻种植。清末水稻分布的北线是新疆伊犁，沿河西走廊、河套到东北的辽河流域。在南方，双季稻从岭南发展到长江流域。北方的谷子、高粱的地位，则因玉米、番薯的传播受到削弱。我国现在的主要粮食作物依次是水稻、小麦、玉米、高粱、谷子、甘薯和马铃薯。这是历史长期发展的结果，而粮食作物构成的这种格局，清代已基本形成了。

在纤维生产方面，棉花虽然在宋元之际传入长江流域，但真正在全国普及还是在明清。明朝立国伊始，即对民户的木棉生产数量作出硬性规定，棉花迅速在黄河流域推广开来。明末徐光启说：“(棉花)宋末始入江南，今则遍及江北与中州矣。”清代中期，棉花不但是国内最重要的衣被原料，而且还有棉花和棉布运销国外。棉花的发展导致麻类种植的下降，麻织品几乎为棉织品所取代。从宋末到明代随着棉业的勃兴，蚕桑业在许多地方趋于萎缩，但南方某些地区，尤其是嘉湖地区，清代在蚕丝出口的刺激下，蚕桑业进一步繁荣，并使其邻近地区和珠江三角洲也发展为重要蚕桑产区。柞蚕丝的生产在明清也有很大发展。首先采收和利用柞蚕丝的，是先秦时代山东半岛的“莱夷”。明中叶以后，放养柞蚕成为山东农家的一项副业，形成一套比较完善的技术，并由起源地山东先后传到黄河流域下游和东北的辽宁、西南的川黔等省。

花生和烟草是我国明清时代引进的重要经济作物。据报道，浙江吴兴钱山漾和江西修水跑马岭都出土过新石器时代的花生遗存。但在以后的漫长岁月里，花生并不见于文献记载，这成为农史研究中尚未解开的一个谜。明嘉靖、万历以前，原产巴西的花生传入我国，称“香芋”。初从海路至闽广，继从闽广至江浙，清初已扩展到黄淮以北。19世纪又有大粒花生的传入，山东成为花生的重要生产基地。花生含油量大，是榨油的好原料，引进后发展很快，种植几遍全国，成为最重要的油料作物。烟草原产美洲，是明万历年间从吕宋引入福建、广东的，初音译为“淡白菰”；明末清初也有从朝鲜传入东北的。它很快传遍大江南北、长城内外，成为清代重要经济作物。

明清甘蔗生产也有发展，产量以闽广称盛。台湾是新兴蔗区，并迅速超过大陆。蓝靛也是重要经济作物，福建、江西成为蓝靛的特产区。茶叶生产继续发展，传统的官方或半官方的茶马贸易被更广泛的民间贸易所代替，同时茶叶又成为对外贸易最重要的物资之一。

在明清的蔬菜中，传统的葵和蔓菁身价日下，而白菜和萝卜则唱起了主角。它们的品种不断增加。尤其是明中叶培育出不同于原来散叶型的结球白菜，即今天的大白菜。它不但为我国人民所喜爱，而且也被世界各国广泛引种。这一时期引进的蔬菜有原产美洲的辣椒、番茄、菜豆、南瓜以及球茎甘蓝和结球甘蓝等，它们经过我国人民的改良，有很大发展。如我国现在已拥有世界上最丰富的辣椒品种，包括各种类型的甜椒，成为菜椒品种的输出国，北京的柿子椒引种到美国，被称为“中国巨人”。

明清时期我国原有栽培果树的品种显著增加，又从国外引进芒果、菠萝、番木瓜、番荔枝等果树。我国北方现在的主要栽培果树西洋苹果和西洋梨，就是清末从北美洲传入的。

本时期的畜牧业，由于传统牧场的开垦和内地牧养条件的恶化，大牲畜饲养业走向衰落，但猪羊等家禽的饲养继续有所发展。我国贝类的人工养殖始见于宋代文献，明清时代有进一步发展，主要产区在福建、广东沿海，种类则有蠔、蛏〔cheng撑〕、蚶、[虫雷]〔lei雷〕等。明清时期沿海和台湾人民又在海涂凿池或筑堤养鱼，更扩大了人工养鱼的范围。