上层遗存有了较大进步，陶器有夹砂红陶、泥质红陶、细砂或泥质的灰陶，器类有罐、豆、壶等。生产工具中打制与磨制石器共存，新出现了石锛、骨矛和蚌镞。仙人洞人应是依靠渔猎和采集来获取食物的。它代表了当时华南地区洞穴遗址的一些共同特征。

石峡遗址

新石器时代为主的遗址。位于广东省曲江县马坝镇西南。面积约三万平方米。据放射性碳素断代，其新石器时代遗存(遗址下层遗存)年代为距今4900—4700年。

新石器时代遗存共发现墓葬64座，盛行单人二次迁葬，其中大型墓的填土要经过夯打。随葬品以陶器为主，常见鼎、盘、釜、豆、壶和罐。有些墓分别随葬有成套的石锛、石凿、石镞或石钺。大型墓往往随葬成团的稻谷和米粒。在其晚期墓中显示了较明显的贫富分化，有些墓随葬有大量精美的玉器、生产工具和陶器，而有些墓则非常贫乏，它反映了私有制的发展和氏族社会的逐渐解体。

石峡遗址的中、上层遗存分别相当于夏商之际和西周晚期至春秋时期。

山背遗址(参见山背文化)

大坌坑遗址

新石器时代和青铜时代的贝丘遗址。位于台湾省台北县八里乡。遗存分上、下两层，下层属大坌坑文化，上层属圆山文化。据放射性碳素断代并经校正，年代约为距今6400年。

大坌坑文化层出土遗物中有褐色砂陶器、打制或磨制的石器，未见农业或家畜饲养的明显迹象，当时的社会经济应以渔猎、采集为主。

圆山文化层发现有房址遗存，遗物包括细砂棕灰色陶器、石器和一件青铜镞。

昙石山遗址

新石器时代为主的贝丘遗址。位于福建省闽侯县恒心乡。遗址分上、中、下三层。其下、中层代表了昙石山文化。据放射性碳素断代并经校正，下层遗存年代约为距今3300年。上层为青铜时代遗存。

属于昙石山文化时期的遗存主要有陶窑和墓葬，遗物以截面呈三角形的石锛和红或灰色的陶器为代表。

圆山遗址(参见圆山文化)

凤鼻头遗址(参见凤鼻头文化)

卑南遗址(参见卑南文化)

甑皮岩遗址

新石器时代洞穴遗址。位于广西壮族自治区桂林市独山西南麓。估计遗址上层年代约为距今7500年，下层年代约为距今9000年以前。

主要遗迹有灰坑、烧坑和墓葬。墓葬葬式盛行蹲葬习俗。有的头骨或盆骨上有赤铁矿粉末。所出石器中打制、磨制各半，还有成堆存放的石料。陶器则以红陶为主，器型有罐、钵、瓮及三足器。另外出有骨制的鱼镖和镞。当时的人们应该以经营渔猎或采集经济为主，可能有少量的家畜饲养或原始农业。

西南地区

白羊村遗址

新石器时代遗址。位于云南宾川县城东北三公里处。现存面积约3000平方米。遗存可分早晚两期，据放射性碳素断代并经校正，早期年代为距今4200—4100年。

该遗址发现房址11座，墓葬34座，残存稻壳、粮食痕迹的窖穴23个。另外出土了少量石刀以及罐、钵、匜〔yi 移〕、缸等陶器。它是洱海地区一处文化特征鲜明的典型遗址，有人据此提出了“白羊村文化”的命名。同时，它又是目前所知云贵地区较早的稻作农业遗存。

卡若遗址

新石器时代遗址。位于西藏自治区昌都东南的卡若村西。面积约10000平方米。遗存可分早、晚两期，据放射性碳素断代，年代为距今5300—4100年。

卡若遗址出土遗物丰富。陶器多夹砂，常见绳纹、刻画纹装饰的罐、钵、盆。大型打制石器、细石器和磨制石器共存是这个遗址的特点之一，还发现有骨、石复合工具。其遗迹现象主要是28座房址，晚期的半地穴石墙式建筑风格独特。结合遗址中出土的炭化粟及牛、猪等家畜骨骼分析，当时人们过着以粟作农业为主、兼营狩猎、饲养的定居生活。