元代书院一方面在数量上得到了较大的发展，遍及于全国许多地区；另一方面，由于中央朝廷任命书院的山长和教师，控制书院的招生、考试及学生的去向，政府拨学田给书院，使书院官学化的倾向日益严重，许多书院甚至被纳入了地方官学系统，与路、府、州、县学一样，成为科举考试制度的附庸，丧失了宋代书院淡于名利、志在问学修身的初衷。尽管如此，元代的书院对于当时文化教育的普及、理学的传播以及人才的培养，仍然起到了一定的作用。